合同附件与主合同发生冲突怎么办

合同附件也就是合同补充协议，合同补充协议一般签署在后，以补充协议所约定内容为准。具体依据如下：

1、补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以本补充协议为准”；

2、《合同法》第77条规定，双方协商一致，可以对合同进行变更。补充协议签署在后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。