玉皇大帝和三圣母是什么关系呢

是舅舅与侄女的关系。

三圣母及兄长二郎神杨妙君的母亲为玉帝太昊之妹，后有她下凡机缘而遇其夫。再后来玉帝为了天庭与自己的面子而将其压在桃山之下万载，其父诛之。杨妙君与其妹因有圣人及阐教金仙玉鼎真人相护而未被灭。学得大神通之后劈山救母。虽成功，可却是自身被迫转世数载轮回。后有玉鼎真人点化杨戬而醒悟前世种种。有了实力才能自保，保其所爱。而其妹三圣母因奉女娲之命掌管宝莲灯而未有险，可从此玉帝与杨妙君兄妹关系僵死。